سید علی حسینی خامنه‌ای
آیت‌الله العظمی سید علی حسینی خامنه‌ای متولد 1318 شمسی فرزند مرحوم سیدجواد حسینی خامنه‌ای، از علما و فقهای بزرگ وحدت‌گرا و تقریبی شیعه در عصر حاضر، که پس از وفات امام خمینی دومین رهبر جمهوری اسلامی و ولی‌فقیه و نیز از مراجع تقلید شیعه می‌باشد. او پیش از انتخاب به سمت رهبری در سال ۱۳۶۸شمسی، دو دوره رئیس جمهور و مدتی نیز نماینده مجلس شورای اسلامی بوده است. منصب امامت جمعه تهران از سوی امام خمینی نیز از مناصب شرعی اوست. پیش از پیروزی انقلاب اسلامی از روحانیون موثر مشهد به شمار می‌رفت. اندیشههای آیت‌الله خامنه‌ای در قالب مجموعه‌ای مفصل به نام حدیث ولایت جمع‌آوری شده است. کتاب‌های متعددی نیز به صورت موضوعی از سخنان و پیامهای مکتوب وی گردآوری و منتشر شده است. چندین اثر مکتوب شامل تالیف و ترجمه از وی منتشر شده که طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن مفصل‌ترین کتاب، و صلح امام حسن مشهورترین ترجمه اوست.
| نام | سید علی حسینی خامنه‌ای |
|---|---|
| لقب | امام؛
آیت‌الله العظمی |
| تاریخ ولادت | 29 فروردین 1318 شمسی |
| محل ولادت | ایران - مشهد |
| محل تحصیل | مشهد – نجف - قم |
| محل زندگی | مشهد – نجف- قم - تهران |
| مسئولیت‌ها و اشتغالات | نماینده مجلس خبرگان قانون اساسی؛
امام جمعه تهران؛ رئیس جمهور 1368-1360؛ رهبر جمهوری اسلامی ایران از 1368 تا کنون. تدریس دروس حوزوی فقه و اصول و اخلاق و ... |
| استادان | سید جواد حسینی خامنه‌ای؛
میرزا محمد مدرس یزدی؛ سید محمد هادی میلانی؛ شیخ هاشم قزوینی؛ سیدحسین طباطبایی بروجردی؛ سید محمد محقق داماد؛ سیدمحمد حسین طباطبایی؛ شیخ مرتضی حائری یزدی؛ امام خمینی. |
| برخی آثار | طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن؛
انسان ۲۵۰ ساله؛ پیشوای صادق؛ روح توحید نفی عبودیت غیر خدا؛ از ژرفای نماز؛ ترجمه: صلح امام حسن؛ چهار کتاب اصلی علم رجال؛ آینده در قلمرو اسلام؛ ترجمه جلد اول تفسیر فی ظلال القرآن و ... |
| مذهب | شیعه |
| وبسایت | پایگاه نشر آثار |
مخالفت صریح با قمه‌زنی و برخی شکل‌های عزاداری، و تحریم توهین به مقدسات اهل‌سنت از فتاوای معروف و مؤثر او در جهان اسلام به شمار می‌رود. اصطلاحات تهاجم فرهنگی، بیداری اسلامی و اقتصاد مقاومتی از مفاهیمی است که در پی سخنرانیها و تاکید‌های ایشان وارد ادبیات سیاسی و اجتماعی ایران شده است. ایشان علاقمند به ادبیات است و با سبک‌های ادبی آشناست. او اشعاری نیز سروده و تخلص امین را برگزیده است. مطالعه کتب معتبر تاریخی بخشی از برنامه مطالعاتی دائمی وی است، به طوری که به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارد.
تحصیلات
ایشان تحصیل را در چهار سالگی از مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن کریم شروع کرد.
تحصیل در مشهد
دورهً دبستان را در نخستین مدرسهً اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند. در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد. هم زمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دورهً دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسهً سلیمان‌خان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسهً نواب رفت و دورهً سطح را در آن به پایان برد. هم زمان با تحصیلات حوزوی دورهً دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد. وی معالم‌الاصول را نزد آیت‌الله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا احمد مدرس یزدی فراگرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیت‌الله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت. در سال ۱۳۳۴شمسی، در درس خارج فقه آیت‌الله سید محمدهادی میلانی حاضر شد.
حوزه نجف
وی در ۱۳۳۶شمسی طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف اشرف مشرف شد و در دروس مدرسان بنام حوزهً علمیهً نجف، از جمله آیات سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی ، سید محمود شاهرودی ، میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت و به مدت یک سال دیگر در درس آیت‌الله میلانی حاضر شد. سپس در سال ۱۳۳۷شمسی به شوق ادامه تحصیل عازم حوزهً علمیهً قم شد. در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیت‌الله محمدهادی میلانی به وی اجازهً روایت داده بود.
حوزه قم
سید علی خامنه‌ای، در قم نزد بزرگانی چون آیات حاج آقا حسین طباطبایی بروجردی ، امام خمینی ، حاج شیخ مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و آیت‌الله سیدمحمدحسین طباطبایی تلمذ نمود. در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس می‌گذراند.
بازگشت به مشهد
آیت‌الله خامنه‌ای در ۱۳۴۳شمسی به دلیل عارضهً بینایی پدر و کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیت‌الله میلانی حضور یافت که تا سال ۱۳۴۹ ادامه داشت. او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت. در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به ویژه دانشجویان حضور پیدا می‌کردند. در جلسات تفسیر خود، مهمترین پایه‌های فکری اسلام و اندیشه اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان می‌نمود و به تعمیق بنیانهای اندیشه مبارزه و براندازی حکومت طاغوت می‌پرداخت به صورتی که شرکت کننده در درس تفسیر او به این نتیجه ضروری و طبیعی می‌رسید که حکومتی بر پایه اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد. یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود. از سال ۱۳۴۷ شمسی درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا سال ۱۳۵۶ شمسی و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت. جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست جمهوری و پس از آن ادامه داشت.
تدریس درس خارج
ایشان از سال ۱۳۶۹شمسی تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، کتاب قصاص، مکاسب محرمه و صلاة مسافر پرداخته‌اند.
فعالیتهای سیاسی
دوران مبارزات پیش از انقلاب
پیشینهً فعالیتهای سیاسی ـ مذهبی خاندان آیت‌الله خامنه‌ای، در او زمینهً تربیتی برای مبارزهً سیاسی ـ مذهبی فراهم آورده بود. نقطهً آغازین ورود به فعالیتهای سیاسی، دیدار او با سیدمجتبی نواب صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقه‌های انقلابی را در وی پدید آورد. نخستین دیدار وی با امام خمینی (ره) در سال ۱۳۳۶شمسی صورت گرفت اما چهرهً سیاسی امام خمینی برای اولین بار در جریان لایحهً انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد. آیت‌الله خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی در سال ۱۳۴۱شمسی وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد. جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دورهً قبل از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ آغاز کرد. در بهمن ۱۳۴۱، پس از همه‌پرسی لایحهً انجمن‌های ایالتی و ولایتی، آیت‌الله خامنه‌ای و برادرش سیدمحمد مأمور رساندن گزارش آیت‌الله محمدهادی میلانی به امام خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همه‌پرسی شدند.
نخستین دستگیری (ایام ۱۵ خرداد)
در سال ۱۳۴۲ و در آستانهً ماه محرم، امام خمینی وی را مأمور ساخت پیام‌هایی را به آیت‌الله میلانی و علما، روحانیون و هیأت‌های مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاه‌سازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد. امام خمینی در این پیام‌ها خطمشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعهً مدرسهً فیضیه از روز هفتم محرم در منابر خوانده شود. آیت‌الله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خطمشی امام خمینی راهی بیرجند ــ که تحت نفوذ خاندان علم بود ــ شد و در منابر و مجالس آن شهر دربارهً حادثهً مدرسهً فیضیه و سلطهً اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد. به دنبال این سخنرانیها، وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ مقارن با هفتم ماه محرم ۱۳۸۳، دستگیر و در مشهد زندانی شد. پس از آزادی وی، آیت‌الله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد. آیت‌الله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیت‌الله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام خمینی ــ‌که در حصر به سر میبرد ـ تشکیل می‌شد، فعالیتهای سیاسی‌اش را تداوم بخشید. اندکی پس از آن به حوزهً علمیهً قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی روحانیون مبارز به سازمان‌دهی مجدد فعالیتهای سیاسی از طریق جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت. او از جمله روحانیونی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به آیت‌الله سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی، که در حمایت از امام خمینی زندانی شده بودند، فرستاد. در همان زمان طلاب خراسانی حوزهً علمیهً قم با هدایت او، در اعتراض به ادامهً حصر امام خمینی نامهای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشته و منتشر کردند که از جمله‌ی آنها خود ایشان و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند
دومین بازداشت (سفرهای انقلابی)
ایشان در بهمن ۱۳۴۲، مقارن با رمضان ۱۳۸۳ق برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد. سخنرانیهای او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را بر آن داشت که ایشان را دستگیر و به زندان قزل قلعه ـ که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود ــ منتقل نماید. در ۱۴ اسفند ۱۳۴۲ قرار بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزه‌ی قضایی تهران تبدیل و ایشان از زندان آزاد شد. از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیتهای وی همواره تحت کنترل مأموران امنیتی قرار داشت.
تشکیل جلسه یازده نفره حوزه علمیه قم
آیت‌الله خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیتهای علمی و سیاسی پرداخت. او در زمره‌ی روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام خمینی به ترکیه با نگارش نامهای به دولت وقت ــ دولت امیرعباس هویدا ــ در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام خمینی اعتراض کردند. سیدعلی خامنه‌ای به همراه عبدالرحیم ربانی شیرازی، علی فیض مشکینی، ابراهیم امینی، مهدی حائری تهرانی، حسینعلی منتظری، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی. اعضای گروه یازده نفر بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه‌ی علمیه‌ی قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت. مبارزه بر مبنای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن بود و روحانیون نیز به منزله‌ی بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که بدون تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود. این گروه در دوران تبعید امام خمینی، برنامه‌ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به‌عنوان اولین تشکیلات سری حوزه‌ی علمیه‌ی قم یاد می‌شود، فعالیت این گروه در اواخر سال ۱۳۴۵ش توسط ساواک کشف و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر، از جمله آیت‌الله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند.
بنیان‌گذاری جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
در کنار این، جلسه دیگری هم راه افتاده که بنیان جامعه مدرسین امروز است. «ما جزو کسانی هستیم که در اولین نشست‌های جامعه مدرسین عضو بودیم، شرکت داشتیم. هم بنده بودم، هم به نظرم آقای هاشمی بود... آقایان [علی] مشکینی، ربانی‌شیرازی، [ناصر] مکارم و... یک عده مسن‌ترها هم شرکت می‌کردند.» این جلسه‌ها و تصمیماتی که در آن گرفته می‌شد، فضای حوزه علمیه قم را تغییر داد. پا به رکاب‌ها و دست‌اندرکاران این تصمیمات، کسانی غیر از اعضاء جلسه بودند؛ طلبه‌های جوان و علاقمند. این تحرکات فضای بسته و مغموم قم را باز کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است. ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد اما موفق به دستگیری و بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد. آیت‌الله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود. اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد. در مسجد امیرالمؤمنین (ع) تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت.
سومین بازداشت
در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند. این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور او در مشهد اطلاع یافته و در ۱۴ فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازه‌ی آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند. او در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد. اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت. آیت‌الله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزین در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به مبارزین و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزین و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصاً بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشههای مادیگرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام خمینی پرداخت و علیرغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت. نگاه چندبُعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت ایشان بوده است. در پی وقوع زمین‌لرزه‌ی ویرانگر جنوب خراسان در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و سامان‌دهی کمکهای مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبه‌رو شد اما گروه امداد اقدامات مؤثری در کمکرسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمکرسانی دو ماهه‌ی آیت‌الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئتهای مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند. این فعالیتها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد. او در اواخر دی‌ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام خمینی (ره) اقدام کرد اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود.
محکومیت به شش ماه حبس
آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه‌ی کیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید. او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت. او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره‌ی اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام میکرد. آیت‌الله خامنه‌ای با نگاه عقیدتی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای اقشار مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی ـ اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوششهای فرهنگی ممکن است و خیزشهای مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاهها تلقی می‌شد. این رویکرد را در واکنش به فعالیتهای جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری می‌دانست. در این زمینه فعالیتهای علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در سال ۱۳۴۸ برگزار کرد.
سخنرانیها در حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران
آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانونهای روشنفکری مشهور در عرصه‌ی مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت. وی در سال ۱۳۴۸ به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانیهایی در برخی مراکز فعال سیاسی ـ اسلامی در تهران از جمله حسینیه‌ی ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد. سخنرانیهای وی در حسینیه‌ی ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت. آیت‌الله خامنه‌ای در بهار ۱۳۴۹ در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بن‌مایه‌های عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده‌ی مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله‌جلسات به تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید
چهارمین بازداشت
با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حکیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهمترین مروجین امام خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنشهای مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند. به دنبال آن و با گسترش دامنه‌ی اعتراضات و مبارزات ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان ـ تنها زندان امنیتی مشهد ـ بازداشت کرد. در محرم ۱۳۹۱/ اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود وی سخنرانیهایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۵۰ به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانیهایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد.
سه مرتبه بازداشت در سال ۱۳۵۰
در پی تحریم جشنهای ۲۵۰۰ ساله از سوی امام خمینی ساواک مراقبتهای شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس وی در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد. او پس از آزادی، فعالیتهای خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان ۱۳۵۰ که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در ۲۱ آذر همان سال که به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم گردید
ادامه جلسات درس در تهران، مشهد و نیشابور
وی پس از آزادی، فعالیتهای سیاسی ـ اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانیهایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه‌ی میرزاجعفر و مسجد امام حسن (ع) و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروه‌هایی از اقشار مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند. گزارشهای جلسات سخنرانی و درس او بارها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشههای مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند. آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله‌جلسات درس اصول عقاید را، که هفته‌ای یک بار در روزهای سه‌شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد. در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیرش در مسجد امام حسن (ع) و منزلش را تعطیل کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه‌ی نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد. ساواک مشهد در واکنش به فعالیتهای سیاسی گسترده‌ی او، او را از اقامه‌ی نماز جماعت در آن مسجد باز داشت.
زندان ششم؛ سخت‌ترین دوره حبس
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانونهای مهم مبارزه اقدام کرد. به دنبال آن، منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره‌ی ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود. در نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته‌ی مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید و به گفته خود دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد. او در حبس، اجازه‌ی ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود.
فعالیتهای منجر به تبعید
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه‌ی جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود. اما او به‌رغم همه‌ی محدودیت‌های سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانه‌ی انقلابی خود را به صورت مخفیانه پیگرفت و پرداخت شهریه‌ی امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد. در اواخر سال ۱۳۵۴ مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه‌ی اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد. او در خرداد ۱۳۵۵، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه‌ی عوضیه‌ی آن شهر به امدادرسانی پرداختند. در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره‌ی فعالیتهای سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرف‌داری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶/دی ۱۳۵۵ سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله‌جلسات مباحثه درباره‌ی تبیین فضای فکری ـ فرهنگی، به‌ویژه برای دانشجویان و جوانان و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید. از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند. به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود.
تبعید به ایرانشهر
به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد. همان ایام به همراه عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند. با درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله‌ی نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیتها، به‌رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیتهای مبارزان را محدودتر کرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که آیت‌الله خامنه‌ای هم در زمره‌ی آنان بود. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید و مأموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ به منزل او یورش برده و او را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری علیه حکومت بود. اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهره‌گیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط کشور رساند. سخنرانیهای او در مسجد آل‌رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به‌عمل آورند.
او در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامهای به آیت‌الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه‌ی رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه‌ی مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی‌داشت. این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید.
وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیت‌الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمکهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیل‌زده‌ها تقسیم کند.
آیت‌الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره‌ی نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار می‌گرفت و با نامه‌نگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیم‌گیریهای جمعی علما مشارکت میکرد.
تبعید به جیرفت
با اوج‌گیری انقلاب اسلامی در آستانه‌ی ماه رمضان، ۲۸ شعبان ۱۳۹۸/ ۲۸ تیر۱۳۵۷، شماری از طلاب حوزه‌ی علمیه‌ی مشهد به ادامه‌ی تبعید آیت‌الله خامنه‌ای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید. گسترش فعالیتهای انقلابی و مردمی آیت‌الله خامنه‌ای در راستای جهت‌دهی و سامان‌دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان اقشار مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده و دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. لذا وی در ۲۲ مرداد به جیرفت انتقال یافت.
مبارزات سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانیها، که در ۱۵ شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد. این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامهای به آیت‌الله سیدعبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه دادند. وی در این دوره، مخفیانه عازم کهنوج شده، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای ایراد کرد
بازگشت به مشهد
با گسترش مبارزات مردمی و ازهم‌گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت‌الله خامنه‌ای در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیتهای خود را در امر سامان‌دهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد. در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده‌ی راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه‌ی مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند.
فعالیتهای مبارزاتی آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان‌دهی حرکت‌ها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد. در عین حال با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با آیت‌الله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت‌الله خامنه‌ای را اعلام کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد. او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستان‌های قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیتهای روزافزون و تأثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارشهای ساواک از آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته‌ی انقلاب در خراسان نام برده شده است.
سخنرانی عاشورای ۵۷ در حرم امام رضا
وی در ۱۹ و ۲۰ آذر ۱۳۵۷ هم‌زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه‌پیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه‌ی شب عاشورا را در حرم مطهر امام‌رضا (علیه‌السلام) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلابی تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا میکرد، در هم شکست. همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را سامان‌دهی کرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت. وی در شمار روحانیونی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله‌ی مأمورین رژیم پهلوی به بیمارستان شاهرضای مشهد (امام رضا (علیه‌السلام) کنونی) برنامه‌ی تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد. در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند. متحصنین با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گستردهای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد.
تظاهرات ۹ دی ۵۷ مشهد
آیت‌الله خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند. اما علیرغم تلاشهای مسالمت‌آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابانها ریخته و برخی ساختمانها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمله آیت‌الله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل‌عام مردم تظاهرکننده فاجعه‌ی یکشنبه‌ی خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند. به دنبال وقوع این حوادث، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند.
عضویت در شورای انقلاب
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند. آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه‌ی رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله‌ی نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت. پس از تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات آن را عهده‌دار شد.
تحصن در مسجد دانشگاه تهران
به دنبال بسته شدن فرودگاههای کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه آیت‌الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان‌دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت.
شب قبل از آغاز تحصن، آیت‌الله بهشتی در بهشت‌زهرا سخنرانی کرد و آیت‌الله خامنه‌ای قطعنامه‌ای را که خود تهیه کرده بود برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت. آیت‌الله خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل ستادی و با مشارکت برخی از مبارزین متحصن به اقداماتی دست زدند که عمده‌ترین آنها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام «تحصن» بود . متحصنان در روز هشتم بهمن با صدور اعلامیه‌ای تأکید کردند تا باز شدن فرودگاهها به روی امام خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد. این تحصن که تا صبح روز ۱۲ بهمن ادامه یافت، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد.
در لحظه‌ی تاریخی ورود امام خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیت‌الله خامنه‌ای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه‌ی فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت‌طلبی‌های احزاب و گروه‌های گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد
فعالیتهای سیاسی در دهۀ اول انقلاب اسلامی
شورای انقلاب
یکی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی آیت‌الله خامنه‌ای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر۱۳۵۷ و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله‌ی انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به‌تدریج انتخاب شدند، اما به لحاظ رعایت ملاحظات مختلف به‌صورت رسمی در آستانه‌ی پیروزی انقلاب در ۲۲ دی ۱۳۵۷ اعلام گردید. نخستین اعضای شورا آقایان مرتضی مطهری، سید محمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سیدعلی خامنه‌ای و محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن درآمدند. آیت‌الله خامنه‌ای در اواخر دی ماه در این جلسات حضور پیدا کرد. شورا در این مقطع، تصمیم‌گیریهای مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت. از جمله‌ی آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی بود. اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود.
پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانون‌گذاری در غیاب قوه‌ی مقننه، انجام بخشی از وظایف قوه‌ی مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر ۱۳۵۸ و انجام همه آن پس از استعفای دولت موقت در ۱۴ آبان ۱۳۵۸ تا پس از آن. در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحرانهای پیشِ رویِ نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود. به رغم تغییر چندین‌باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه‌ی آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ آیت‌الله خامنه‌ای عضو ثابت ان باقی ماند. ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت‌دار اعضای موسوم به «لیبرال» شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروه‌های مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه‌ی فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود.
او معتقد بود که در شورای انقلاب باید از اقشار گوناگون جامعه نمایندهای حضور داشته باشد. مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود. او بر این عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده و باید آن را از راههای مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود. در مورد منطقه‌ی سیستان و بلوچستان نیز براساس از تجربه‌ی حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت . در این زمینه در ۹ فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام خمینی مأموریت یافت در رأس هیأتی عازم آن منطقه شود تا به خواستها و مشکلات مردم رسیدگی و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند. در این سفر، افزون بر مأموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی منطقه دیدار و سیاستهای نظام جمهوری اسلامی را برای آنها تشریح و تبیین کرد.
حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود.
معاونت شهید چمران
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیت‌الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید. در این زمان دکتر مصطفی چمران وزیر دفاع بود. همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه‌ی مجریه صورت گرفت ایشان به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیه‌ی امور انتظامی، نظامی و امنیتی، از جمله بحرانهای گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروه‌های ضدانقلاب را بر عهده داشت، انتخاب گردید.
سرپرستی سپاه پاسداران
از دیگر مأموریت‌های وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ بود. وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت میکرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاشهای میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود. وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به‌ویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دورۀ مجلس شورای اسلامی استعفا داد.
تاسیس حزب جمهوری اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، هم‌زمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره‌ی گذار، به‌همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت میکرد. این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسماٌ اعلام موجودیت کرد اما پایه‌های تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ بر می‌گردد که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی در صدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه‌ی اسلامی بودند. بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت آیت‌الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود.
از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی می‌توان به پرکردن خلاء ناشی از فقدان تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یکپارچگی و حضور مردم در صحنه، پی‌ریزی بنیانهای اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش‌آفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه‌ی اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظه‌ی سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاه‌های اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضع‌گیری صریح و صادقانه در برابر ترفندها و فریبهای دشمنان داخلی و خارجی اشاره کرد. وی از تهیه‌کنندگان مرامنامه‌ی حزب بود. در تقسیم‌بندی وظایف اعضا نیز وظیفه‌ی تبلیغات حزب را برعهده گرفت. ایشان عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره‌ی تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتارها و جزوه‌هایی ارائه نمود. او در تأسیس شعبه‌ی حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در ۲۶ اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد.
دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب ـ آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد. در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه‌ی ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت میکرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود.
ایشان حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می‌دانستند. نخستین کنگره‌ی حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار و آیت‌الله خامنه‌ای برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی و شورای داوری حزب انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی در تهران و شهرستانها شرکت میکرد و ضمن تبیین مأموریتها و اهداف حزب، به پرسشهای دفاتر، شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد .
ایشان هم‌زمان با دوره‌ی دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، از جمله: رفع بحرانهای سالهای اولیه‌ی انقلاب، تأسیس نهادها و سازمان‌های مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیتهای محوری حزب از جمله آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت‌بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح‌بندیها در درون حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه‌ی خود را نداشت . لذا آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامهای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح‌بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند. امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد.
امامت جمعۀ تهران
امام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیت‌الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند. ایشان نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کردند. از این تاریخ تا واقعه‌ی ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به ایشان سوء قصد و بر اثر آن به شدت مجروح گردیدند، به جز مقطع ۲۱ بهمن تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر میبرد، نماز جمعه‌ی تهران را اقامه کردند. پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت.
اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه‌ی جمعه به منظور انسجام شبکه‌ی امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه‌ی فیضیه‌ی قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد. وی در خطبه‌های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهمترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.
نمایندگی در مجلس شورای اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون‌گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه‌ی روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد و از حوزه‌ی انتخابیه‌ی تهران وارد مجلس شد. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود.
در مدت ریاست ایشان طرحها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهمترین آنها می‌توان تأمین نیازمندیهای استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله‌ی کردستان، مسائل مرزی، مسئله‌ی بلوچستان و سازمان‌دهی نوین ارتش را نام برد. از موضع‌گیریهای مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد. با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه‌ی مقننه را ترک گفت.
حضور در دفاع مقدس
آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ بصورت فعالانه به ایفای نقش پرداخت. ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساند. در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت. و آنگاه که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیت‌الله خامنه‌ای بود. در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه‌ی مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند . بر این اساس عازم جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن در جبهه غرب حاضر شد. ولی حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانیهای لازم، مستمر بود.
وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای ایشان در صحنه‌ی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم ــ که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ می‌شد. از اقدامات ویژه‌ی این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشت، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه‌ی نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود. از دیگر تلاشهای ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود.
نمایندگی امام در شورای عالی دفاع
به فرمان امام خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه‌ی امور جنگ شد و آیت‌الله خامنه‌ای که براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده‌ی ایشان در این شورا و نیز سخنگوی آن بود. در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود . وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره‌ی مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه‌ی مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید.
عملیات شکست حصر آبادان
در عملیات شکستن حصر آبادان حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامهای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد. اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیتها و سازمان‌های بین‌المللی و نیز برخی از کشورها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیت‌هایی دست زدند. آیت‌الله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی که عراق شروط اصلی ایران شامل عقب‌نشینی به مرزهای بین‌المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از سرزمینهای خود بیرون می‌کنیم. همچنین معتقد بود که صلح تحمیلی بدتر از جنگ است . با وجود این تردد هیئتهای صلح را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدام حسین و نیروهای او علیه مردم ایران شد و به اثبات مظلومیت ایران و تجاوزگری صدام کمک میکرد، مفید می‌دانست.
جنگ، مهمترین موضوع دوران ریاست جمهوری
در دو دوره‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهمترین موضوع کشور بود. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحولاتی در صحنه‌ی جنگ پیش آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمینهای اشغال‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت‌نظر مسئولان ارشد کشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات‌های نظامی، طراحی و اجرا شد. هم‌زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه‌ی بین‌المللی نیز بیشتر و فعالتر شد.
ایشان طی هفت سال از مجموع هشت سال دوران ریاست جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئتهای حسن‌نیت صلح که از سوی سازمان‌های بین‌المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیتهای مهم بین‌المللی و منطقه‌ای که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص دادند. در دوره ریاست جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضورها و بازدیدهای محدود اکتفا کردند اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها ایشان را ناگزیر کرد پس از کسب موافقت امام خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.
همچنین که آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشکیل شد . امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد .
در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسؤولان عالی‌رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه گذاشت .
امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفاً به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: «قبول این مسئله برای من از زهر کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم... در قبول این قطعنامه فقط مسئولین کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند. و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است». به دنبال این تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامهای در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه‌ی ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد.
فعالیتهای ارشادی در دهۀ اول انقلاب اسلامی
بخش مهمی از فعالیتهای سیاسی و مذهبی آیت‌الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیتهای ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
توصیه امام به دانشجویان برای رجوع به آیت‌الله خامنه‌ای
به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروه‌های مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیست‌ها در محیط دانشگاهی تعیین کرد.
وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و ضمن اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسشهای فکری و سیاسی آنها پاسخ می‌داد. این جلسات بعدها در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثۀ سوء‌قصد به ایشان در مسجد اباذر در خلال یکی از از همین جلسات رخ داد.
جلوگیری از انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی
اقدام دیگر او مقابله با تلاش‌هایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل‌گیری بود. بدین نحو که نامهای به امضای پانزده نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهار نظر ایشان، انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته‌جمعی استعفا کنند.
آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی شورای انقلاب در جلسه‌ی هیأت وزیران شرکت میکرد، بعد از طرح نامه‌ی مذکور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تأکید ورزید. امام خمینی نیز، پس از آگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامه‌ی کار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تأکید کرد.
سفر تبلیغی به هند
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن پانزدهم هجری قمری نیز بود بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئتهای گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاه‌های جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملت‌ها، به ویژه ملت‌های مسلمان تشریح و تبیین کنند. آیت‌الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت.
ایشان به مدت دو هفته در اواخر بهمن و اوایل اسفند ۱۳۵۹ به شهرهایی چون دهلی‌نو، حیدرآباد، بنگلور و منطقه‌ی کشمیر سفر کرد و در سخنرانیها، دیدارها و گفت‌وگوها و مصاحبه‌های مطبوعاتی به‌ویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاهها، تشکلها و شخصیتهای اسلامی و شیعیان هند چهره‌ی واقعی انقلاب اسلامی ایران و نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، به ویژه جنگ با عراق را تشریح و بیان کرد . همچنین، با خانم گاندی نخست‌وزیر هند ـ که از شخصیتهای معتبر و موجه بین‌المللی بود ـ دیدار و گفتگو کرد.
مقابله با لیبرالها و بنی صدر
یکی از مسائل مهم جامعه‌ی ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرالها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره‌ی شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود.
آیت‌الله خامنه‌ای، بنی‌صدر را نماینده‌ی جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود . اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی‌صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کرد. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی میبرد. پس از انحراف واضح بنی‌صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست جمهوری در مجلس شورای اسلامی در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، آیت‌الله خامنه‌ای در موافقت با طرح نطق مشروح و مؤثری را ایراد کرد .
آیت‌الله خامنه‌ای از ۱۳۵۸ تا اول تیر ۱۳۶۰ در موارد گوناگون علیه جناح لیبرال و ملی‌گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی امریکا در ایران و تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد . در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزراء و مسئله‌ی پاکسازی در ادارات و سازمان‌های دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرف‌دار خط سازش با امریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت میکرد.
ترور نافرجام توسط منافقین
آیت‌الله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد . امام خمینی، در پیامی خطاب به ایشان توطئه‌ی سوء‌قصد به جان وی را محکوم کرد و از ایشان تجلیل نمود . بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه‌ی سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارشهای غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در ۱۸ مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شد و مجدداً به صحنه‌ی اجتماع و سیاست بازگشت و از ۲۶ مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد.
دوران ریاست جمهوری
دور اول - انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با ۹۵ درصد آرا. پس از شهادت محمدعلی رجایی ـ دومین رئیس جمهور اسلامی ایران ـ شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و علیرغم مخالفت ایشان، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون برای ریاست جمهوری موافق نبودند با نامزدی ایشان موافقت کردند.
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیتهای مختلف از ریاست جمهوری ایشان حمایت کردند. از مهمترین حامیان آیت‌الله خامنه‌ای ائتلاف گروه‌های خط امام بود . انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۹۵ ممیز ۱۱ درصد) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد . در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی حکم ریاست جمهوری ایشان را تنفیذ کرد و در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد .
در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ علی‌اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد، ولی وی در رأی‌گیری روز ۳۰ مهر ۱۳۶۰ نتوانست آرای اکثریت نمایندگان را کسب نماید. در ۴ آبان ۱۳۶۰ میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه‌ی جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه‌ی دولت‌های رجایی، باهنر و مهدوی کنی بود به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد. او توانست در ۶ آبان ۱۳۶۰ آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند.
آیت‌الله خامنه‌ای ریاست جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری از ساختار مناسبی برخوردار نبود. گروه‌های مشاور و کارگروه‌ها برای کمک به رئیس‌جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدید می‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت. آیت‌الله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاشهای خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس جمهور و نهاد ریاست جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن به‌ویژه در تعامل با نخست‌وزیر در طول دورۀ اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی‌رسید.
سرفصل برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای در دورۀ چهارسالۀ اول ریاست جمهوری عبارت از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی، نیل به سیاستهای اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دورافتادگان از مرکز، طاغوت‌زدایی از همۀ شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران، کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همۀ عرصه‌ها از تکنیک تا هنر، تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائۀ خدمت مؤثر به مردم، تأمین امنیت و آزادی همۀ افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر. در دورۀ چهارسالۀ دوم نیز ضمن ادامۀ برنامه‌های دورۀ اول که در رأس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، تدوین لایحۀ اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولین لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی‌مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمین‌های کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم‌شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه‌ی صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی از اهم برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای بود. در عرصۀ سیاست و روابط خارجی برنامۀ ایشان شامل اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم‌گیری برمبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در بازپس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرتهای جهانی و مبارزۀ مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطۀ ابرقدرت‌ها در منطقه، اهتمام جدی به مسئلۀ قدس و دیگر سرزمینهای غصب‌شدۀ فلسطین و آمادگی برای مبارزۀ همه‌جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصۀ بین‌المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور مؤثر در صحنه‌های بین‌المللی بود.
دورۀ دوم ریاست جمهوری
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلاف‌نظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار سالۀ اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دورۀ ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت. پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانۀ انتخاب نخست‌وزیر آنگاه که معلوم شد آیت‌الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست‌وزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخست‌وزیری است برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیت‌الله خامنه‌ای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. آیت‌الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد. در دورۀ دوم ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
فعالیتهای سیاسی و فرهنگی در دوران ریاست جمهوری
ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی
در ۸ شهریور ۱۳۶۲ آیت‌الله خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام خمینی عهده‌دار شد. امام این حکم را در پاسخ به استعلام ایشان به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر کرد . همچنین، دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳، صورت داد. در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد. آیت‌الله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دورۀ ریاست جمهوری خود در تیر ۱۳۶۸ عهده‌دار بود و در این سال‌ها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش مؤثری ایفا نمود.
فعال کردن دستگاه سیاست خارجی
در دوران هشت سالۀ ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعالتر شد. یکی از شاخص‌های توسعۀ سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس‌جمهور به کشورهای مختلف برای توسعه روابط بود که در دورۀ اول ریاست جمهوری شروع شد و در دورۀ دوم توسعه یافت. ایشان در دورۀ اول ریاست جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دورۀ دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ به کشورهای آسیایی و آفریقایی پاکستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا و موزامبیک سفر نمود. از ۱۱ تا ۱۵ شهریور ۱۳۶۵ برای شرکت در هشتمین اجلاس سران کشورهای غیرمتعهد در هراره مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران کشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت‌وگو نمود. از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ به کشورهای یوگسلاوی و رومانی و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ به کشورهای چین و کره شمالی سفر کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاه‌ها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولت‌های جهان تشریح نمود. این اولین حضور رئیس جمهور اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد بود. نکتۀ حائز اهمیت در سفر به سازمان ملل، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و اصحاب مطبوعات بین‌المللی از ایشان و فعالیتهای ایشان برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استکبار جهانی در قبال ایران بود. امامت نماز جمعۀ مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود. از اقدامات دیگر آیت‌الله خامنه‌ای در زمینۀ سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط منسجم با گروه‌های سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آنها و تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به وحدت و اتحاد بر ضد دشمن مشترک‌شان تبدیل کرد. تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشت‌گانه افغانستان که به رقابت زیان‌بار آنها پایان داد و نیز تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از مصداق‌های مهم این رویکرد است. در این دوره، به دامنۀ حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد و پشتیبانی ایران به احزاب و گروه‌های اسلامی در آن کشورها جایگاه منطقه‌ای و بین‌المللی قابل ملاحظه‌ای بخشید.
بازدیدها، دیدار و سفرهای استانی
دیدار با اقشار مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمان‌های گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرحها، شرکت در همایشها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. حفظ ارتباط با مردم به ویژه خانواده‌های شهدا از راهبردهای اساسی آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. بر این پایه ملاقات‌های مردمی ـ در مناسبتهای مختلف ـ در دیدارهای با خانواده‌های شهدا، خصوصاً سرزدن به منازل آنان به عنوان یکی از برنامه‌های ثابت ایشان و ابتکار قابل توجه در نوع رابطه زمامداران و مردم محسوب می‌شود. همچنین، سفرهای آیت‌الله خامنه‌ای به استانها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با اقشار مختلف مردم، به‌ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشکلات آنها از نزدیک، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن از جمله ابتکارات، فعالیتهای مستمر و مؤثر ایشان بود.
نامه امام خمینی به آیت‌الله خامنه ای
در ۱۶ دی ۱۳۶۶، امام خمینی در نامهای به آیت‌الله خامنه‌ای و ناظر به بیانات ایشان در خطبه‌های نماز جمعه‌ی تهران در موضوع حدود اختیارات حکومت اسلامی و ولایت فقیه، حکومت اسلامی را از احکام اولیه‌ی اسلام و مقدم بر تمام احکام فرعیه دانسته و ولایت فقیه را مطلقه عنوان نمود. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه‌ی امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نماز جمعه را با امام خمینی مطرح کردند. امام خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داده و ضمن تقدیر از آیت‌الله خامنه‌ای، در بخشی از آن نوشتند: «اینجانب از سالهای قبل از انقلاب با جنابعالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جنابعالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید».
اولین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامۀ سران کشور (از جمله آیت‌الله خامنه‌ای)، در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند. بر این اساس، آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص قرار گرفتند. ایشان این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری عهده‌دار بود.
محول شدن ماموریت‌های متعدد از سوی امام
آیت‌الله خامنه‌ای در دوران هشت‌سالۀ ریاست جمهوری خود، همچون سالهای پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی امام خمینی مأموریت‌هایی فراتر از وظایف ریاست جمهوری به ایشان محول نمودند و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند. در ۱۵ فروردین ۱۳۶۲ تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیت‌الله خامنه‌ای واگذار کردند. در اول آبان ۱۳۶۲ ایشان را مأمور پیگیری مطالبات ایران از امریکا و سایر کشورها کرد. در اول آذر همین سال با پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای در مورد تشکیل ادارۀ حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمود. در ۹ دی ۱۳۶۲ ایشان را مأمور بررسی مجدد لایحۀ تعریزات کرد. امام در ۲۳ بهمن ۱۳۶۷ آیت‌الله خامنه‌ای را مأمور نمود از اعضای شورای‌عالی قضایی دعوت کند تا در جلسۀ سران سه‌قوه شرکت کرده و طرح‌های خود را در زمینۀ تقسیم کار برای ادارۀ بهتر آن شورا مطرح نمایند. در نهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسۀ سران سه‌قوه موافقت نمود. در ۱۹ اسفند ۱۳۶۷ نیز در نامهای او را مسئول رسیدگی به مشکلات عراقیهای مقیم ایران کرد.
حضور در شورای بازنگری قانون اساسی
امام خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ خطاب به حضرت آیت‌الله خامنه‌ای هیئتی متشکل از بیست نفر از جمله آیت‌الله خامنه‌ای را تعیین نمودند تا به همراه پنج نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، شورای بازنگری قانون اساسی را تشکیل داده و به اصلاح، بازنگری و تکمیل قانون اساسی در موضوعات پنج‌گانه بپردازند. پس از تشکیل شورای مذکور آیت‌الله مشکینی به عنوان رئیس و آیت‌الله خامنه‌ای و اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند. شورا در طول چهل و یک جلسه در مورد پنج موضوع اصلی: شرایط رهبری، تمرکز در قوای مجریه و قضائیه، تمرکز در مدیریت صدا و سیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و تعداد نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم‌گیری نمود. این جلسات تا پس از رحلت امام خمینی ادامه داشت.
دوران رهبری
در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، در حالی که مردم و مسئولان آماده‌ی تشییع و تدفین پیکر پاک امام خمینی (ره) بودند در جلسه‌ای با حضور مسؤولان کشوری و لشکری، آیت‌الله خامنه‌ای، رئیس جمهور، وصیت‌نامه‌ی سیاسی ـ الهی امام خمینی (ره) را قرائت کرد. مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشکیل جلسه داد تا رهبر یا شورای رهبری جدید برای نظام جمهوری اسلامی را انتخاب کند. مطابق اصل ۱۰۷ قانون اساسی مصوب سال ۱۳۵۸، انتخاب رهبری بر عهده نمایندگان مجلس خبرگان قرار دارد . در بحث رهبری شورایی یا فردی، اکثریت اعضای مجلس خبرگان به رهبری شورایی رأی نداد و آنگاه که بحث از مصداق رهبری برای رأی‌گیری به میان آمد و نام آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شد. برخی از نمایندگان که از نظر امام خمینی مبنی بر صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری نظام پس از رحلت امام که در جلسات متعددی در حضور سران قوا و نخست‌وزیر و حاج سید احمد خمینی ابراز کرده بودند اطلاع اجمالی داشتند خواستار توضیح شاهدان آن شدند. دو نفر از شاهدان نقل امام خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند استناد این نظر به امام را تأیید کردند. همچنین گفته دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کره شمالی ابراز کرده بودند نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد. در پی آن رأی‌گیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیت‌های دینی، علمی و سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای، معظم‌له را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند. آیت‌الله خامنه‌ای خود به این موضوع اشاره کرده، می‌گویند تا زمانی که موضوع انتخاب را متعَین ندانستم از پذیرش آن مقام امتناع می‌کردم . پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همه‌پرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر براسا قانون اساسی جدید در مورد رهبری معظم‌له رأی‌گیری کرد و اکثریت قاطع مجدداً معظم‌له را به رهبری نظام انتخاب کردند.
برخی زمینه‌های اصلی نظر امام راحل بر رهبری آیت‌الله خامنه‌ای عبارتند از: مبارزه طولانی‌مدت برای تحقق حکومت اسلامی، اعتقاد راسخ و روشن به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی، بیش از یک دهه فعالیتهای همه‌جانبه‌ی سیاسی، اجرایی و فرهنگی برای استقرار نظام جمهوری اسلامی، روشن‌بینی دینی، تسلط علمی بر مبانی دینی، سلوک فردی و اجتماعی، زهد و پارسایی، استناد نمود. امام خمینی (ره) به مناسبتهای گوناگون شایستگیها، تعهد و خدمتگزاری آیت‌الله خامنه‌ای در راه خدمت به نظام جمهوری اسلامی را مورد تأیید قرار داده بودند.
امام خمینی تاریخ ۷ تیر ۱۳۶۰ در بخشی از پیام‌شان به مناسبت ترور آیت‌الله خامنه‌ای فرموده‌اند: «اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلاله‌ی رسول اکرم و خاندان حسین‌بن‌علی هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فدارکار در جبهه‌ی جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه‌ی انقلاب می‌باشید، میزان تفکر سیاسی خود و طرف‌داری از خلق و مخالف با ستمگران را به ثبت رساندید. اینان با سوء‌قصد به شما عواطف میلیونها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحه‌دار نمودند. اینان آن‌قدر از بینش سیاسی بی‌نصیب‌اند که بی‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌انداز است ... من به شما خامنه‌ای عزیز، تبریک می‌گویم که در جبهه‌های نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه‌ی خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم» . در تاریخ ۸ شهریور ۱۳۶۵ به افراد و رجال سیاسی توصیه کردند که در گفتارشان به جای عیب‌جویی دائمی، مثل آیت‌الله خامنه‌ای باشند که همیشه همه را نصیحت می‌کند و خدماتش را به رخ مردم نمی‌کشد. در تاریخ ۲۱ دی ۱۳۶۶ در پاسخ به نامه آیت‌الله خامنه‌ای در مورد ولایت مطلقه فقیه، در بخشی از نامه نوشتند: «اینجانب که از سالهای قبل از انقلاب با جنابعالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جنابعالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید» .
حجت‌الاسلام والمسلمین سیداحمد خمینی، نزدیکترین فرد به امام خمینی که مشاور و مورد وثوق کامل ایشان بود، نقل کرده که امام در پی سفر خارجی آیت‌الله خامنه‌ای گفتند: «الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند» . زهرا مصطفوی، دختر امام خمینی (ره) بیان کرده که آنگاه که از امام درباره‌ی رهبری آینده نظام پرسیده است ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای نام بردند و آنگاه که از مقام علمی آیت‌الله خامنه‌ای سؤال کرده است ایشان اجتهاد آیت‌الله خامنه‌ای را تأیید کرده‌اند . آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نیز نقل کرده که زمانی که امام درصدد عزل آیت‌الله منتظری از رهبری آینده بودند در جلسه‌ای که با حضور سران سه‌قوه، نخست‌وزیر (میرحسین موسوی) و حاج سید احمد خمینی در محضر امام تشکیل شده بود در مورد جانشین رهبری بحث شد ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری آینده نظام نام بردند. وی همچنین بیان داشته که در جلسه خصوصی خود با امام راحل نسبت به وضع رهبری در آینده ابراز نگرانی کرده است و امام در پاسخ با اشاره به آیت‌الله خامنه‌ای فرموده‌اند: «شما در بن بست نخواهید بود، چنین فردی در میان شما هست. چرا خودتان نمی‌دانید؟».
بدون تردید مقطع زمانی انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری نظام دارای اهمیت و حساسیت ویژه‌ای بوده است. برخی نگرانی‌ها که در پی بیماری امام خمینی قدس سره بوجود آمده بود عبارت بودند از: ۱- مدیریت کشور در دوره‌ی پس از امام خمینی . ۲- ناتمام بودن اصلاح و بازنگری قانون اساسی ۳- نگرانی از حمله یا تحریکات نظامی عراق، امریکا و منافقین؛ با توجه به نقض مکرر آتش‌بس توسط عراق و تبلیغات وسیع برای پیروز قلمداد کردن خود در جنگ. ۴ ـ ادامه‌ی بحران ناشی از توطئه‌ی انتشار کتاب آیات شیطانی در حوزه‌ی سیاست خارجی و صدور حکم امام خمینی مبنی بر ارتداد سلمان رشدی نویسنده‌ی آنکه با واکنش سرسختانه‌ی کشورهای غربی مواجه شد.
اما آنچه همه نگرانی‌ها را به امید تبدیل کرد عبارت بودند از: ۱- انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به مقام رهبری که در کوتاه‌ترین زمان روی داد. ۲- تشییع و وداع میلیونی و بی‌نظیر مردم با امام خمینی (ره) و شکل گرفتن بزرگترین تشییع و وداع با یک رهبر مردمی که همچون طوفان عظیمی احتمال هرگون توطئه دشمن را منتفی کرد. ۳- تأیید و بیعت مسؤولان ارشد نظام و نهادهای مختلف کشور، بیت امام، مراجع تقلید و علما از جمله آیات عظام اراکی، مرعشی نجفی، آیت‌الله میرزا هاشم آملی، آیت‌الله العظمی گلپایگانی و آیت‌الله مشکینی، نخبگان، شخصیتهای حوزوی و دانشگاهی، خانواده‌های شهدا و اقشار مختلف مردم ۴ـ حاج سیداحمد خمینی ساعاتی پس از انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری با ارسال پیام تبریکی به ایشان اظهار داشت: «حضرت امام بارها از جنابعالی به عنوان مجتهد مسلم و نیز بهترین فرد برای رهبری نظام اسلامی‌مان نام می‌بردند. من و تمامی اعضای بیت امام از حضرات آیات خبرگان محترم صمیمانه تشکر می‌نماییم؛ چرا که معتقدیم روح امام عزیزمان از این انتخاب شاد و آرام شده است. من بار دیگر چون برادری کوچک اوامر آن ولی فقیه را بر خود لازم‌الاجرا می‌دانم» . ۵- بیعت وسیع و گسترده این پیام را به همراه خود داشت که جانشین امام خمینی، در حوزه‌ی نظر و عمل، اعتقاد راسخ به راه و تفکر امام دارد و آن را با تمام توان استمرار خواهد بخشید. این بیعت‌ها به صورت حضوری، شرکت در راهپیماییها، انتشار اطلاعیه و پیام تبریک و امضای طومار ما بعد آن انجام شد. «کاروانهای میثاق با امام و بیعت با رهبری» در آستانه‌ی چهلمین روز ارتحال امام خمینی از سراسر کشور به راه افتادو «مانورهای بیعت با رهبری» در برخی مناطق مرزی و استراتژیک کشور و نیز برگزاری «سمینارهای میثاق با امام، بیعت با رهبری» شکل گرفت . بیعت با آیت‌الله خامنه‌ای، ماهها بعد استمرار یافت و به جهانیان ثابت کرد که ایران با رهبری آیت‌الله خامنه‌ای همچنان پرچمدار امت اسلامی است. ۶- مواضع صریح و مکرر آیت‌الله خامنه‌ای مبنی بر تداوم راه امام و حفظ وحدت و ایجاد اعتماد متقابل بین مردم و رهبری و پافشاری بر حفظ اصول دینی، شرع و فقه اسلامی، حمایت بی‌دریغ از مستضعفان و محرومان و قشرهای پایین جامعه و ایجاد وحدت و همبستگی با ملت‌های مظلوم و عزت بخشیدن به اسلام و ملت‌های مسلمان و مرعوب نشدن از تهدیدات قدرتهای جهانی. آیت‌الله خامنه‌ای از امام خمینی به عنوان «ریشه‌ی شجره‌ی طیبه‌ی انقلاب» یاد کردند و اعلام کردند: ما راه خود را بر اساس راه امام (ره) ادامه خواهیم داد».
دیدگاه‌های وحدت‌گرای مقام معظم رهبری
مقام معظم رهبری (حفظه الله) یکی از سرسخت ترین مدافعان مساله وحدت امت اسلامی و تقریب میان پیروان مذاهب اسلامی می‌باشند به گونه‌ای که یکی از اولین اقدامات ایشان پس از رهبری تاسیس مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی به دنبال برگزاری چهارمین کنفرانس بین‌المللی وحدت اسلامی اسلامی در جمهوری اسلامی ایران بود. ایشان در همۀ کنفرانس‌های وحدت یک روز خود را اختصاصا به میهمانان کنفرانس می‌دهند و برای ایشان در هر سال سخنرانی مهمی ایراد می‌نمایند که مجموع این سخنرانیها در طی سالیان گذشته خود نقشۀ راه و میراث مهم تقریبی‌ای است که نه تنها نخبگان جهان اسلام بلکه عموم مسلمانان دلسوز را به وحدت و همدلی هر چه بیشتر ترغیب نموده و آن را از سطح یک دغدغه به یک وظیفه دینی و اصل اسلامی در برابر دشمنان قسم خورده دین و اسلام و معنویت تبدیل می‌نماید. در زیر به برخی از قسمت‌های بیانات ایشان دربارۀ تقریب اشاره می‌کنیم:
تمرکز و توجه به باورهای مشترکی همچون دین واحد، خدای واحد، قبلۀ واحد، قرآن واحد، پیامبر واحد و ...
و ترویج و تبلیغ دین بر حول محور این معارف ناب برای مسلمانان و پیروان مذاهب یقیناً دل‌های آنان را به هم نزدیک و صمیمی‌خواهد نمود. مقام معظم رهبری بارها بر این نکته تأکید داشته و می‌گویند: «امروز دشمن واحدى در مقابل ماست؛ علاوه بر اینکه کتاب واحد، سنت واحد، پیغمبر واحد، قبلۀ واحد، کعبۀ واحد، حج واحد، عبادات واحد، اصول اعتقادى واحد در جامعۀ اسلامى است. البته اختلافاتى هم وجود دارد. اختلافات علمى ممکن است بین هر دو نفر عالِم باشد. علاوه بر اینها، دشمن واحد در مقابل دنیاى اسلام است. مسئله اتحاد بین مسلمانان یک امر جدى است. با این مسئله، باید اینطور برخورد شود. هر روزى که این قضیه دیر شود، دنیاى اسلام یک روز خسارت کرده و این روزها، روزهایى است که بعضى آن چنان حساس است که در یک عمر اثر مى‌گذارد. نباید بگذارید دیر شود». [۱]
«می‌خواهیم به همۀ مسلمانان ـ از شیعه و سنی ـ بگوییم و تذکر بدهیم که شما یک نقاط مشترک و یک نقاط اختلاف و افتراق دارید. در بعضی چیزها، باهم شریکید و یک طور فکر و عمل می‌کنید و در بعضی چیزها، هر فرقه روش خود را دارد. نکته این است که اولاً، آن نقاط اشتراک بیشتر از نقاط افتراق است؛ یعنی همۀ مسلمانان، به خدای واحد و قبلۀ واحد و پیامبر واحد و احکام و نماز و روزه و زکات و حج اعتقاد دارند. شما دو نفر مسلمان را پیدا نمی‌کنید که وقتی صبح می‌شود، برای نماز بلند نشود؛ مگر اینکه بخواهد به تکلیفش عمل نکند، والا همۀ مسلمانان عالم معتقدند که صبح و ظهر و عصر و شب، باید نماز خواند و مستحب است که در نیمه شب، نماز شب بجا آورد. همۀ مسلمانان عالم معتقدند که نماز را باید به طرف کعبه و به زبان قرآن و از آیات قرآن خواند. همۀ مسلمانان عالم، ماه رمضان که فرا می‌رسد، آن وقتی که فهمیدند روز اول ماه است، روزه می‌گیرند» [۲]
ایشان در فرازی دیگر از سخنان خود می‌گویند: «مشترکات بزرگى وجود دارد؛ گرد این محور همه مجتمع شوند. همدیگر را تحمل کنید. اصولى هست، محورهایى هست؛ اصل این است که در این اصول همدل باشیم. ممکن است در صد تا از فروع، افراد با همدیگر اختلاف داشته باشند، باشد؛ این منافات ندارد با اجتماع، با جمع شدن، مجتمع شدن؛ اینها باید ملاک باشد. در گفتارمان مراقب باشیم. رد دیگران، طرد دیگران، به طور مطلق در سر مسائل درجه دو، مصلحت نیست» [۳]
دین اسلام
«همه ملت ایران، این درس پرمغز و کوتاه را از امام عزیزمان به یاد داشته باشند و وحدت کلمه بر محور اسلام را فراموش نکنند: به ریسمان الهی چنگ زنید و بر محور اسلام متحد شوید. این اتحاد، علاج همۀ دردها و کوبنده تمام دشمنان است. اکسیر اعظم برای پیروزی ملت ایران، همین یک نکته است: اتحاد کلمه براساس اسلام» [۴]
قرآن کریم
«امروز دنیاى اسلام بیش از همیشه، به اتحاد و یکدلى و تمسک به قرآن نیازمند است. قرآن مى‌فرماید: «وَاعْتَصِمُوا بِحَبْلِ اللَّهِ جَمِیعًا وَلَا تَفَرَّقُوا» (آلعمران، 103)، اعتصام به حبل‌الله براى هر مسلمان یک وظیفه است؛ اما قرآن اکتفا نمى‌کند به اینکه ما را به اعتصام به حبل‌الله امر کند، بلکه به ما مى‌گوید که اعتصام به حبل‌الله را در هیئت اجتماع انجام بدهید؛ «جمیعاً»؛ همه باهم اعتصام کنید» [۵]
پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله و سلم)
در منظومۀ کلام مقام معظم رهبری درباره وحدت، شخصیت پیامبر اکرم(ص) از جایگاه مهمی برخوردار است. ایشان در این رابطه می‌گوید: «توصیه به برادران مسلمان این است که امروز اتحاد بین مسلمانان، براى مسلمانان یک ضرورت حیاتى است. شوخى و شعار نیست؛ جداً باید جوامع اسلامى با یکدیگر اتحاد کلمه پیدا کنند و همسو حرکت نمایند. یکى از عواملى که مى‌تواند در این زمینه مرکز باشد، عبارت است از وجود مقدس نبى اکرم(ص). مسلمانان و روشنفکران اسلامى باید بر روى شخصیت و تعالیم این بزرگوار و محبت به این بزرگوار، با دید همه‌گیر نسبت به اسلام سرمایه‌گذارى کنند. وجود نبى مکرم اسلام(ص)، بزرگترین مایه وحدت در همه ادوار اسلامى بوده است و امروز هم مى‌تواند باشد؛ چون اعتقاد آحاد مسلمانان به آن وجود اقدس بزرگوار، با عاطفه و عشق توأم است و بنابراین آن بزرگوار، مرکز و محور عواطف و عقاید همه مسلمانها است و همین محوریت، یکى از موجبات انس دلهاى مسلمانان و نزدیکى فرق اسلامى با یکدیگر به حساب مى‌آید. توصیه ما به همۀ مسلمانان عالم این است که روى ابعاد شخصیت پیامبر و زندگى و سیره و اخلاق آن حضرت و تعالیمى که از آن بزرگوار مأثور و منصوص است، کار زیادى بشود» [۶]
ایشان در فرازی دیگر در‌این‌باره می‌گوید: «عزیزان من! مسلمانان دنیا، زیر نام نبى اکرم(ص)، راحت‌تر و سهل‌تر از همه چیز، مى‌توانند متحد شوند. این، خصوصیت آن بزرگوار است. من بارها عرض کرده‌ام، آن بزرگوار، مجمع و ملتقاى عواطف مسلمانان است. مسلمان، به پیغمبر خود عشق مى‌ورزد. خدایا! تو شاهدى که دلهاى ما مالامال از محبت پیغمبر است. از این محبت، باید استفاده کرد. این محبت، راهگشا است. امروز مسلمانان به اخوت و برادرى احتیاج دارند. امروز شعار «إِنَّمَا الْمُؤْمِنُونَ إِخْوَةٌ فَأَصْلِحُوا بَیْنَ أَخَوَیْکُمْ» (حجرات، 10)، از همیشه جدى‌تر است» [۷]
اهل بیت (علیهم السلام)
«از جمله عواملى که مى‌تواند محور این وحدت قرار گیرد و همه مسلمانان مى‌توانند بر آن اتفاق نظر کنند، تبعیت از اهلبیت پیغمبر است. اهلبیت پیغمبر را همۀ مسلمانان قبول دارند. البته شیعه اعتقاد به امامت آنان دارد؛ غیر شیعه، آنان را به معناى امامت در اصطلاح شیعى، امام نمى‌داند، لکن از بزرگان اسلام که مى‌داند، خانواده پیغمبر که مى‌داند، مطلع از معارف و احکام اسلامى که مى‌داند. مسلمانان باید در عمل به کلمات ائمه(ع) و اهلبیت پیغمبر، اتفاق کلمه کنند. این یکى از وسایل وحدت است. البته این، یک کار فنى است؛ کار آسانى نیست و مقدماتى دارد. کسانى که اهل فن هستند، اهل حدیث هستند، اهل علوم وابسته به حدیث هستند، مى‌دانند که مقدمات این کار چیست» [۸]
غدیر مایه وحدت
«مسئله غدیر هم مى‌تواند مایۀ وحدت باشد؛ خود مسئله غدیر، غیر از جنبه‌اى که شیعه آن را به عنوان اعتقاد قبول کرده است ـ یعنى حکومت منصوب امیرالمؤمنین(ع) از طرف پیامبر که در حدیث غدیر آشکار است ـ اصل مسئله ولایت هم مطرح شده است. این دیگر شیعه و سنى ندارد. اگر امروز مسلمانان جهان و ملت‌هاى کشورهاى اسلامى، شعار ولایت اسلامى سر دهند، بسیارى از راه‌هاى نرفته و گره‌هاى ناگشودۀ امت اسلامى باز خواهد شد و مشکلات کشورهاى اسلامى به حل نزدیک خواهد گشت» [۹]
امیرالمؤمنین (ع) محور وحدت
«امیرالمؤمنین (ع) محور وحدت است. همه دنیای اسلام در مقابل امیرالمؤمنین خاضع‌اند؛ شیعه و سنی ندارد. یک گروه کوچک به نام نواصب، دشمنان امیرالمؤمنین بودند. در طول تاریخ اسلام، هم در دوران اموی و هم دوران عباسی گروه‌هایی دشمن امیرالمؤمنین بودند؛ اما عامه دنیای اسلام ـ چه سنی مذهب، چه شیعه مذهب ـ امیرالمؤمنین را تجلیل می‌کنند. شما ببینید ائمه فقهی اهل سنت دربارۀ امیرالمؤمنین شعر مدح دارند. اشعار معروفی که گفته می‌شود، مال شافعی است. امام شافعی دربارۀ امیرالمؤمنین اشعار مدح آمیز دارد. نه فقط درباره امیرالمؤمنین، بلکه درباره همه یا اغلب ائمه اینها خاضع‌اند» [۱۰]